İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesi'nin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konoha'ya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinou'nun öğrencisi Amaru'nun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Naruto'nun, Sasuke'nin ve Hitana'nın doktor ile Amaru'ya eşlik etmelerini ister. Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında…