Matrix'te tasvir edilen olaylardan altı ay sonra, Neo, özgür insanlar için iyi bir kehanet olduğunu kanıtladı, çünkü giderek daha fazla insan Matrix'ten kurtulup Direniş'in tek kalesi olan Zion'a getiriliyor. Neo'nun kendisi, süper hız, Matrix'in içindeki şeylerin kodlarını görme yeteneği ve belirli bir dereceye kadar ön biliş gibi süper güçlerini keşfetti. Ancak bu direnişe kötü bir haber var: 250.000 makineli nöbetçi Zion'u kazıyor ve onlara 72 saat içinde ulaşacak. Zion nihai savaşa…