Yıl 2029. Dünya, Net sayesinde sınırsız hale geldi ve insanlar artık sanal dünyada yaşamaya başladılar. Düzen, süper güçlü ve istedikleri yere download olabilen polisler tarafından sağlanıyor. Japonya'da, Dışişleri Bakanlığı tarafından yaratılmış ve net ortamında istediği gibi hareket edebilen Project 2501 kod adlı bir süper ajan, bilgi denizinde kazandığı bilinçle kendisine bir beden arayışına başlar. The Puppet Master (Kuklacı) olarak kendisini tanıtan ajan, onun varlığından habersiz hükümet…