G.I. Joe askerleri yine zorlu görevlerle geri dönüyor. Ekip bu sefer sadece ölümcül düşmanları Kobra ile savaşmayıp, bizzat varoluşlarını tehlikeye atan devletin içinden tehditlerle de uğraşmaya mecbur kalırlar. Dünyayı hakimiyeti altına almayı hedefleyen Zartan ve onun adına çalışanlar ve Zartan'ın etkisi altına giren dünya liderleriyle zorlu bir mücadeleye içinde olacak.