Kaiju olarak bilinen yaratıklar tarafından rahatsız olan bir dünyada Kafka Hibino, savunma gücüne katılmak istedi. Çocukluk arkadaşı Mina Ashiro'ya katılma sözü veriyor. Yakında, hayat onları ayrı şekillerde alıyor. Kaiju savaşlarından sonra temizlik yaparken Kafka Reno Ichikawa ile tanışır. Reno'nun savunma gücüne katılma kararlılığı Kafka'nın Mina'ya katılma ve insanlığı koruma vaadini Rewakens.