Dört kaplumbağa kanalizasyona düşer ve New York'a gönderilen ve kanalizasyonda yaşamaya zorlanan Japon bir adam olan Hamato Yoshi ile arkadaş olur. Bir gün, dört kaplumbağayı insan benzeri yaratıklara dönüştüren garip bir yeşil parıltı görür. Hamato (şimdi Master Splinter), yeşil parıltıdan dev bir fareye dönüşür ve Yoshi'nin ezeli düşmanı Shredder ve Dimension'dan uzaylı bir savaş ağası olan Krang'a karşı savaşmak için haber muhabiri April O'Neil ile birlikte savaşırken kaplumbağalara ninja…