Küçük Elif'in zorlu hayatını konu alan dizi Elif'in öz babasının evine besleme olarak gitmesiyle başlar. Çiftlikte Kenan'ın eşi Arzu Elif'e iyi şeyler yaşatmaz, Kahya Ayşe ve Tarık Elif'i Arzu'nun kötülüklerinden korumaktadırlar. Ancak önce Tarık'ın şüpheli ölümü, daha sonra da Ayşe'nin ölümü Elif'i yalnız bırakmıştır. Kenan'ın kardeşi Selim Elif'in abisinin kızı olduğunu öğrenmesiyle hikâye değişir.